Selo Banoštor je dobilo ime po nazivu tvrđave u čijoj je blizini nastalo. Sam naziv je izveden iz termina Ban Monoštra što znači Banov Manastir, a odnosi se na benediktanskisamostan koji je 1150. godine kod tvrđave podigao mađarski palatin sa titulom bana i srpskiprinc Beluš.
Prethodni nazivi tvrđave i naselja u srednjem veku(pre nego što se oblik Ban Monoštra(prvi put zabeležen 1473. godine) ozvaničio) bili su Keu, Keve i Kuet.
Banoštor je jedno od najstarijih sremskih naselja. Pominje se prvi put još u XII veku. Na mestu današnjeg Banoštora, ili u neposrednoj blizini (ne zna se tačno) postojao je rimski grad Malata Bononija, koji je bio na važnom podunavskom putu, Limesu, koji je išao obalom Dunava od Zemuna preko Novih Banovaca (Burgunac), Surduka (Rittium), Slankamena (Acumicum), Petrovaradina (Cusuma), preko Banoštora sve do Osijeka (Mursia).
Ovaj kraj je skupa sa cijelim Sremom nakon poraza Ugarske kod Mohača 1526.postao definitivno dijelom Osmanskog carstva sve do Karlovačkog mira 1699,kad ulazi u sastav Habsburške monarhije, najprije kao dio Podunavske vojne granice ali već 1745. biva iz nje izuzet a 1773.postaje dijelom čerevićkog vlastelinstva. Pod Vojnom granicom naseljavaju se u Banoštor Srbi ali čerevićki posjednici naseljavaju tu i znatan broj Nijemaca-Podunavskih Švaba, koji sve do povlačenja u jesen 1944. čine jaku manjinu u selu.
Banoštor je do konačnog izdvajanja samog Iloka iz sastava Vojvodine 1946. oduvijek područno i upravno pripadao kotaru Ilok, da bi nakon toga kratko vrijeme pripao kotaru Novi Sad a nakon uvođenja komunalnog sistema u cijeloj tadašnjoj Jugoslaviji postaje dijelom novoosnovane općine Beočin, što ostaje sve do danas.
U naselju Banoštor živi 659 punoletnih stanovnika, a prosečna starost stanovništva iznosi 44,7 godina (43,7 kod muškaraca i 45,5 kod žena). U naselju ima 311 domaćinstava, a prosečan broj članova po domaćinstvu je 2,51.
Ovo naselje je velikim delom naseljeno Srbima (prema popisu iz 2002. godine).