Na otoku je već oko 1000. godine bio smješten benediktinskisamostan. Kasnije, godine 1397. tu je ustanovljen augustinski samostan u kojem su odgojeni dvoje papa, Eugen IV. i Grgur XII. Početkom 1717. godine, desio se veliki požar u kojem je izgorio veći dio samostana, nakon čega je počelo napuštanje otoka. Od 1799. godine tu je bio zatvor za političke osuđenike koji je napušten nakon Drugog svjetskog rata. Danas je San Giorgio in Alga vlasništvo grada Venecije. Otok je bio korišten 1944. godine kao tajna baza za uvježbavanje njemačkih ronioca za polaganje mina.