Najraniji zapisi o otoku su iz 1131. kada je stanoviti Pietro Gattilesso osnovao crkvu s hospicijem za hodočasnike u Svetu zemlju, a koja je 1165. predana Augustincima koji su tu osnovali samostan. Nakon toga samostan je prelazio u ruke raznih redova sve dok se u njemu nisu od 1645. ustalili Kamaldolijanci i uz pomoć mletačkih patricija uredili samostan. Nakon što je Venecija podpala pod Austriju, samostan je 1880. pretvoren u "Središnji azil za žene Veneta" koji je radio sve do 1992. godine. Nakon zatvaranja azil je pretvoren u luksuzni hotelSan Clemente Palace Hotel & Resort od 5 zvjezdica, koji može ugostiti do 400 gostiju u 200 soba i apartmana s pogledom na lagunu i park.