Na lokaciji gdje se nalazi današnji Jackson prvo naselje je bio Parkerville, francuskog trgovca Louisa LeFleura. Vlada tadašnje države je 1821. odlučila potražiti bolju lokaciju za svoju buduću prijestolnicu, umjesto tadašnje Natchez. Izbor je pao na Parkerville koji se nalazio u geografskom centru Mississippija. Parlament je prvi put zasjedao u Jacksonu23. decembra1822, grad je planski građen, a do grada je željeznica došla 1840.
Za vrijeme Američkog građanskog rata, - Jackson je iako tada mali grad, bio poprište velikih bitaka, koje su odlučile ishod rata, kad su ga snage Unije konačno zauzele 16. jula1863. i tako prepolovile Konfederaciju. Nakon te bitke, praktički nije ostala sačuvana ni jedna stara građevina, pa je 1903. izgrađena nova palača parlamenta (Capitol).
Od druge polovice 20. vijekaJackson je postao poprište velikih rasnih sukoba, poznat po akcijama Ku Klux Klana i jedan od centara Afroamerikanaca u borbi za građanska prava.
Morris, Richard B. (1996). Encyclopedia of American History (Seventh izd.). Collins Reference. ISBN0062700553.
Peter C. Mancall, Gary B. Nash, Allan M. Winkler, Charlene Mires, John W. Jeffries, ur. (2009). Encyclopedia of American History. Facts on File. ISBN0816071365.
Stanley I. Kutler (2002). Dictionary of American History (Third izd.). Charles Scribners & Sons. ISBN0684805332.
Paul S. Boyer (2001). The Oxford Companion to United States History. Oxford University Press. ISBN0195082095.