Mateo Kovačić počeo je igrati nogomet u ranoj dobi, 2000. godine, na akademiji LASK Linza. Godine 2007., kada je Kovačić bio 13-godišnji talentirani veznjak, uočili su ga iz nekoliko uglednih europskih klubova, VfB Stuttgart, Ajax, Juventus i Bayern München ali njegova obitelj odlučila je preseliti se u Zagreb i ondje se priključio u nogometnu akademiju zagrebačkog Dinama.[1]
Dne 6. listopada2010. godine, još kao kadet, Mateo Kovačić prvi je put trenirao s prvom momčadi Dinama.[2] Tako je 20. studenoga 2010. prvi put zaigrao za prvu momčad Dinama, i postao najmlađi strijelac HNL-a u utakmici protiv Hrvatskog Dragovoljca.
Dne 27. kolovoza2011. godine Kovačić je sa 17 godina i 82 dana, u utakmici Prve HNL protiv Lučkog, postao najmlađi kapetan u povijesti Dinama[3].
U sezoni 2011./12. Mateo je s ekipom Dinama ušao u Ligu prvaka te je u skupini D igrao protiv Real Madrida, Lyona i Ajaxa. U zadnjoj utakmici u skupini u zagrebačkom porazu 1:7 protiv Lyona zabio je jedini Dinamov zgoditak i tako postao drugi najmlađi strijelac u povijesti Lige prvaka.
Najmlađi je debitant strijelac i kapetan u povijesti Dinama[3], najmlađi strijelac Dinama u Ligi prvaka[9] te, drugi najmlađi strijelac u povijesti 1. HNL-a i drugi najmlađi strijelac u povijesti Lige prvaka[10].
Linz, Austrija
hrvatsko
Chelsea (posudba)
