Većina otoka su planinski, neki s aktivnim vulkanima, a uživaju vlažnu klimu. Vegetacija malih i uskih otoka, koje okružuje more, je prilično bujna; uključuje kišne šume, sago, rižu, i slavne začine -- muškat, klinčić, macis i dr. Veliki dio prvotnog domorodačkog stanovništva melanežanskog porijekla na otocima, pogotovo na Banda Otocima, je ubijen tokom 17. vijeka. Drugi val malajskih imigranata je započeo u 20. vijeku pod nizozemskom i nastavio se pod indonežanskom vlašću.
Maluku Otoci su u političkom smislu tvorili jedinstvenu indonežansku provinciju od 1950. do 1999. Godine 1999. regentstva Sjeverni Maluku (Maluku Utara) i Halmahera Tengah (Centralni Halmahera) su odvojena u posebnu provinciju , tako da se otoci sada dijele na dvije provincije, Maluku i Sjeverni Maluku. Između 1999. i 2002. otoci su bili poznati po žestokim vjerskim sukobima između muslimana i kršćana.
