Konačno je oslobođen krajem 1805. godine te se vratio u Francusku gdje se beuzspješno pokušao vratiti u vojsku. Dana 22. travnja1806. pronađen je mrtav u hoteluHôtel de la Patrie u Rennesu sa šest ubodnih rana na području lijevog plućnog krila i jednom na području srca. Smrt je službeno zabilježena kao suicid. Takva presuda dovela je do toga da Villeneuveova smrt bude ismijana u britanskim novinama, a ubrzo su se pojavile glasine kako je Napoleon u tajnosti dao ubiti Villeneuvea.
