Svoju profesionalnu karijeru započeo je 2010. godine u Ajaxu; tokom 2011. godine, dobio je nagradu za danskog nogometaša godine, nizozemskog nogometnog talenta godine i Ajaxovog talenta godine (Nagrada Marco van Basten) te je uvršen u idelnu momčad na UEFA U-21 Euru, koje se održalo u Danskoj. U tri sezone koliko je igrao u Ajaxu, Eriksen je osvojio tri naslova nizozemskog prvaka prije nego je 2013. godine za otprilike £11,500,000 prešao u Tottenham Hotspur. U svojoj debitantskoj sezoni dobio je klupsku nagradu za igrača godine, a 2015. godine mu je uručena i treća uzastupna nagrada za danskog nogometaša godine. Za Spurse je igrao do 2020. godine, kada prelazi u Inter Milan, s kojim je 2021. godine osvojio Serie A.
Ugovor s Interom razvrgnuo je 2021. godine, a u prvoj polovici igrao je za engleski Brentford, preko kojega se vratio aktivnom nogometu. Istovremeno se vratio i u dansku reprezentaciju.