Biskupija Merseburg (njemački: Bistum Merseburg) je bila rimokatolička biskupija sa sjedištem u današnjem njemačkom gradu Merseburg, odnosno u mersburškoj katedrali. Godine 967. ju je osnovao rimsko-njemački car Oton Veliki zajedno sa biskupijama Meissen i Zeitz kao sufraganske biskupije Nadbiskupije Magdeburg, odnosno kao dio plana da se preko njih pokrštavaju Polapski Slaveni (Vendi) na granici Saksonske istočne marke. Nakon smrti biskupa Gisilhera car Heinrich II ju je proglasio kneževinom-biskupijom. Većina biskupa se bavila pokrštavanjem Luzičkih Srba koje nije dovršeno do 12. vijeka. Od 15. vijeka je biskupija pod sve većom dominacijom dinastije Wettin koja je uspjela ishoditi protektorat nad njom. 1544. je nakon Reformacije postala protestantska, a službeno je ukinuta 1565. kada joj je teritorija predana saksonskoj državi.
