Gramicidin

Izvor: Wikipedia
Gramicidin A.gif
Identifikatori
Simbol
TCDB 1.D.1
OPM protein 69
OPM protein 1grm
Gramicidin
Klinički podaci
Identifikatori
CAS broj 1405-97-6
ATC kod R02AB30
DrugBank DB00027
ChemSpider[1] 3076403
UNII 5IE62321P4 YesY
KEGG[2] D04369 YesY
ChEMBL[3] CHEMBL557217 YesY
Hemijski podaci
Formula C99H140N20O17 
Mol. masa 1882,3 g/mol
SMILES eMolekuli & PubHem
Sinonimi Bacillus brevis gramicidin D
Farmakoinformacioni podaci
Trudnoća  ?
Pravni status

Gramicidin je heterogena smeša šest antibiotika, gramicidini A, B i C, sačinjavaju 80%, 6%, i 14% respektivno,[4] svi od kojih se dobijaju iz zemljišnih bakterijskih vrsta Bacillus brevis i kolektivno se nazivaju gramicidin D. Gramicidin D su linearni pentadekapeptidi. Drugim rečima njihov lanac sadrži 15 aminokiseline.[5] U kontrastu s tim gramicidin S je ciklični peptidni lanac.

Upotrebe[uredi - уреди]

Gramicidin je aktivan protiv Gram-pozitivnih bakterija, izuzev Gram-positivnih bacila, i protiv selekcije Gram-negativnih organizama, kao što su Neisseria bakterije. Njegova terapeutska primena je ograničena na topičke aplikacije. Oni indukuju hemolizu na nižim koncentracijama od potrebnih za uginuće bacterija, te se ne mogu koristiti interno.

Gramicidin je jedan od tri konstituenta antibiotičkog polisporinskog oftalmičkog rastvora.

Kompozicija i struktura[uredi - уреди]

Gramicidin je polipeptid sa naizmeničnim L- i D-aminokiselinama i opštom formulom: formil-L-X-Gly-L-Ala-D-Leu-L-Ala-D-Val-L-Val-D-Val-L-Trp-D-Leu-L-Y-D-Leu-L-Trp-D-Leu-L-Trp-etanolamin

X i Y variraju među molekulima gramicidina. Postoje valinske i izoleucinske varijante sva tri tipa gramicidina, i 'X' može da bude jedna od te dve aminokiseline. Y određuje tip, gramicidin A sadrži triptofan, B fenilalanin, i C tirozin. Takođe, treba obratiti pažnju na naizmenične stereohemijske konfiguracije (D i L) aminokiselina; što je vitalno za formiranje β-heliksa.

Lanac poprima svoju tercijarnu strukturu β-heliksa unutar hidrofobnog ćelijskog lipidnog dvosloja. Heliks nije dovoljno dugačak da premosti membranu, ali dolazi do dimerizacije ćime se formira kanal dovoljne dužine.

Struktura gramicidinskog dimera u micelama i lipidnim dvoslojevima je određena putem NMR merenja u rastvoru i u čvrstom stanju. Prva struktura je predložena 1971. godine.[6] U organskim rastvaračima i kristalima ovaj peptid formira različite tipove neprirodnih dvostrukih heliksa.

Strukture gramicidina A, B i C

Reference[uredi - уреди]

  1. Hettne KM, Williams AJ, van Mulligen EM, Kleinjans J, Tkachenko V, Kors JA. (2010). "Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining". J Cheminform 2 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-2-3. PMID 20331846.  edit
  2. Joanne Wixon, Douglas Kell (2000). "Website Review: The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes — KEGG". Yeast 17 (1): 48–55. doi:10.1002/(SICI)1097-0061(200004)17:1<48::AID-YEA2>3.0.CO;2-H. 
  3. Gaulton A, Bellis LJ, Bento AP, Chambers J, Davies M, Hersey A, Light Y, McGlinchey S, Michalovich D, Al-Lazikani B, Overington JP. (2012). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Res 40 (Database issue): D1100–7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594.  edit
  4. A. S. Bourinbaiar and C. F. Coleman Arch Virol (1997) 142: 2225-2235
  5. Burkhart, Brian M.; Gassman, RM; Langs, DA; Pangborn, WA; Duax, WL; Pletnev, V (1999). "Gramicidin D conformation, dynamics and membrane ion transport". Biopolymers 51 (2): 129–44. doi:10.1002/(SICI)1097-0282(1999)51:2<129::AID-BIP3>3.0.CO;2-Y. PMID 10397797 
  6. Urry DW (1971). "The Gramicidin A Transmembrane Channel: A Proposed π(L,D) Helix". Proc Natl Acad Sci U S A 68 (3): 672–6. doi:10.1073/pnas.68.3.672. PMC 389014. PMID 5276779. 

Spoljašnje veze[uredi - уреди]