Bioinformatika

Izvor: Wikipedia
DNK sekvencijalna analiza

Bioinformatika (grčki: bios - život; eng. Informatics) je nauka koja se bavi bioinformacionim procesima i pojavama u živim ćelijama pri informacionom delovanju svetlosti - elektromagnetnih talasa, jonizujućeg zračenja, bakterija ili virusa, biološki aktivnih i materija hemijske prirode.

Bioinformatika se bavi mehanizmima prijema i obrade informacija na ćelijskom i nivou međućelijskih komunikacija.

Bioinformatika razvija mehanizme izdvajanja, prenosa, čuvanja, organizacije i analize bioinformacija u tzv. bioinformacione baze podataka. Bioinformatika se bavi sa praktičnom primenom predhodno selektiranih bioinformacija na ćelije živh organizama što predstavlja novi vid terapijskog delovanja u obliku tzv. informacione ili informoterapije (Z. Skripnjuk).

Ukoliko se napravi grubo poredjenje čoveka sa kompjuterom, živ čovek, živa ćelija poseduje "softver" tj. operativni sistem, dok mrtav čovek nema informacionih razmena. Mrtva ćelija ne poseduje softver. Svaka živa ćelija predstavlja kompjutersku jedinicu za sebe. Glavne informacije se zapisuju na nivo DNK koja se nalazi u ćelijskom jedru. Ono predstavlja "čvrst disk"' vrlo "moćnog" kompjutera. Ćelijske organele sa citoplazmom predstavljaju tzv. prenosne memorijske jedinice po principu "piši-briši" dok RAM memorija se nalazi na nivo ćelijske membrane (Z. Skripnjuk).

Istorijat[uredi - уреди]

Nobelovac Klod Šenon (engl. Claude Elwood Shannon, 1916 — 2001) je nazvan "ocem informatičke teorije". On je pokazao da Bulova algebra može konstruisati i rešiti bilo koju logičku ili brojčanu relaciju. Njegov značaj za razvoj bioinformatike je ogroman.

Prvi bioinformatički programi su bili razvijani za DNK sekvencijalnu analizu. Poslednja naučna bioinformatička istraživanja usmerena su na ćeliju i međućelijske komunikacije. Takva istraživanja, uporedo sa istraživanjima genetičara koja su posvećena proučavanju mehanizama naslednih informacija, omogućuju da se u informatici izdvoji novi naučni pravac - bioinformatika. Suštinski, bioinformatika daje naučni osnov za razvoj vrlo značajnog i novog pravca u medicini informacione medicine. Otac homeopatije, nemački doktor i fizičar Samuel Hahnemann (1755-1843) je među prvima uočio uticaj informacija na ćelije čoveka.

Unazad 30 godina veoma aktivno se proučavaju principi djelovanja bioloških materija na izolirane organe kod ljudi i životinja, s posebnim naglaskom na informaciono stanje ćelija. Dokazano je da se ćelija ponaša poput najbrzih i najsavremenijih kompjutera pri čemu je ćelijsko jedro predstavlja čvrsti disk (HD) u kome se skladiraju informacije na lancu DNK, neki proteini i pojedine organele unutar ćelije mogu se uporediti sa memorijskim jedinicama tipa "piši-briši" (CD, DVD i sl.). Po istraživanjima ukrainskog naučnika Skripnjuk Z.D., ćelijska membrana predstavlja BIOS ili RAM memoriju ćelijskog kompjutera. Grubo poređenje je neophodno iz razloga da bi se shvatilo polje izučavanja bioinformatike jer genetska proučavanja DNK predstavljaju samo jednu granu široke oblasti savremene nauke pod nazivom bioinformatika.

Utvrđeno je da hemijski molekuli utiču na ćelijsku strukturu, kako neposrednim kontaktom tako i indirektnim delovanjem. U svim eksperimentima, biološki efekat na ćelije je zavisio ne samo od doza postojećih materija i njihovih energija, već od kvaliteta informacije tj. informacione komponente. Ćelija je jasno reagovala na strukturu informacionog polja materije, pri čemu prenošenje signala nije zavisilo od količine (materijalne doze) hemijske supstance i energija. Korišćenje informacionih mehanizama terapijskog delovanja na ljudski organizam je prvi put primenjeno nakon černobilske katastrofe poznata pod nazivom informaciona terapija.

U međuvremenu se bioinformatika primenjuje i u farmaciji, za proračun prognoze proteinskih struktura i interakcije. Simulacija i proračun bioloških eksperimenata i podataka se naziva i In siliko proračun (bioinformatika) (en.in silico). Tu se radi prvenstveno o brzom pronalaženju ponovljenih delova (šablona) u veoma dugim DNK sekvencama i rešavanje problema preklapanja i pozicioniranja dve ili više sekvenci da bi se dobila njihova najveća podudarnost. Primenu u toj oblasti su našli algoritmi dinamičnog i metodološkog programiranja. Kod bioloških hipoteza se retko traže tačne podudarnosti kratkih sekvencijalnih delova i to najčešće za odvojene "signale" kao startna i završna sekvenca genetskog koda. Pored tih, razvijena su i rešenja za pronalaženje gena u nepoznatim DNK sekvencama prognoza gena, (en. gene prediction).

Naučna istraživanja[uredi - уреди]

Glavni problemi bioinformatike, kao naučnog pravca (def. Skripnjuk Z. D.) su:

  • Istraživanje molekularnih i ćelijskih mehanizama detektovanja prijema pojedinačnih informacionih signala i informacionih poruka (recepcija informacionih signala);
  • Istraživanja uloge različitih nosača informacija (fizičkih, hemijskih) u međućelijskoj i unutarćelijskoj komunikaciji;
  • Istraživanje mehanizama kodiranja i prekodiranja informacija u živim sistemima;
  • Proučavanje jezika na kojima se odvija unutarćelijska, međućelijska, međutkivna, međuorganska i međusistemska komunikacija u čovekovom organizmu i šire gledano u organizmima životinja, biljaka, mikroorganizama i virusa;
  • Istraživanje mehanizama prevođenja informacija sa jednog biološkog jezika na drugi;
  • Istraživanje invarijantnosti informacionih poruka;
  • Istraživanje strukture i funkcija kanala za prenos informacija u organizmima čoveka, životinja, biljaka, mikroorganizama i virusa;
  • Istraživanje mehanizama beleženja (zapamćivanja) i čuvanja (memorisanja) informacija;
  • Istraživanje mehanizama obrade i interakcije među informacijama;
  • Istraživanje mehanizama generisanja biološkog odgovora na informacione signale i poruke (elektromehanička sprega, sprega signal sekrecija);
  • Istraživanje uloge i mehanizama stvaranja povratnih veza u živim sistemima;
  • Istraživanje dinamike informacionih poruka u živim sistemima.

U današnje vreme su proučeni primarni mehanizmi prijema pojedinačnih informacionih signala koje prenose neki nosači informacionih signala. Istraživani su mehanizmi recepcije informacionih signala koje prenose medijatori: acetilholin, adrenalin. Utvrđeno je da se receptori proteinskih, peptidnih hormona i mnogih biološki aktivnih materija nalaze na citoplazmatskim membranama, a receptori steroidnih hormona se nalaze u citoplazmi. Ispitivana je uloga različitih sekundarnih posrednika u mehanizmu prenošenja informacija koje prima plazmatska membrana uz delovanje medijatora i hormona, peptida na unutarćeliske strukture.

Proučavanje bioloških jezika počinje od proučavanja ″slova", ″glasova", ″reči" i ″rečenica". Svaka ćelija ″zna" nekoliko jezika. Dobro su proučeni jezici molekula DNK, RNK, belančevina. ″Slova" jezika RNK predstavljaju nukleotidi: adenin, citozin, guanin i uracil. ″Reči" jezika DNK i RNK sastoje se od tri slova – tripleta nukleotida. ″Rečenice" – gena se sastoje od različitog broja ″reči". ″Azbuka" jezika belančevina se sastoji od 20 ″slova" – aminokiselina. Dešifrovanjem genetskog koda utvrđeno je da svakom ″slovu" jezika belančevina odgovara ″reč" jezika RNK – tripletu nukleotida. U jeziku bioloških membrana ″slova", sekundarni su posrednici: joni kalcijuma, ciklični nukleotidi, diacilglicerin, inozitoltrifosfat. ″Slova" jezika međućelijske i međuoarganske komunikacije predstavljaju primarne posrednike: medijatore, hormone, biološki aktivne materije. Biološke informacije mogu prenositi (nosači) ne samo materijalni prenosioci – ″slova", već i energetski prenosioci – ″glasovi". Takvi ″glasovi" pri transmembranskom prenošenju informacija predstavljaju potencijale dejstva ili tzv. spore talase, a kod međućelijskog prenošenja informacija to su elektromagnetni talasi, mehaničke oscilacije i dr. Dokazano je da se uobičajeno biološke informacije ne prenose ″slovima" ili ″glasovima", već ″rečenicama" koje se sastoje od ″reči". U poslednje vreme učinjen je pokušaj proučavanja fonetike, morfologije i sintakse ćelijskih jezika.

Istraživani su: struktura i funkcije kanala za prenos informacija u organizmu čoveka i životinja, mehanizmi memorisanja, mehanizmi generisanja biološkog odgovora na informacione signale mehanizmi stvaranja povratnih veza u živim sistemima.

Još uvek nisu dovoljno istraženi mehanizmi obrade i interakcije između informacija i dinamika informacionih poruka u živim sistemima. Razvoj bioinformatike ima veliku važnost za dalji razvoj Informacione Medicine sa veoma važnim delovima poput informodijagnostike, biorezonantne, multirezonantne i informacione terapije. Dalji razvoj bioinformatike, u budućnosti može omogućiti stvaranje čitavih zdravstvenih programa na jezicima unutarćelijske, međućelijske, međutkivne, međuorganske i međusistemske komunikacije. Prenos tih programa ćelijama organizma pomoću pogodnog nosača informacija, omogućuje ćelijama da uspostave razmenu materija, energije i informacija u organizmu čoveka usled čega dolazi do lečenja i ozdravljenja.

Praktična primena[uredi - уреди]

Sa razvojem bioinformatike otvara se novo polje u medicini pod nazivom informaciona medicina gde se primena naučnih dostignuća razvija u dva pravca:

  1. Informaciona dijagnostika i
  2. Informaciona terapija

Primenom naučnih saznanja iz bioinformatike u dijagnostičke svrhe, danas se masovno primenjuje elektrokardiogram (EKG), elektromiogram (EMG), elektroencefalogram (EEG). Danas ovi informodijagnostički sistemi predstavljaju zlatni standard u dijagnostici vitalnih organa. Sa razvojem kompjuterske tehnologije nastala je posebna grupa dijagnostičkih aparata za čitavo telo - sve čovekove organe i sisteme. Posebno se izdvaja ukrainski, informodijagnostički, kompjutersko-softverski kompleks "PSI Vector DiaCor" (eng. DiaCor).

Informodijagnostika[uredi - уреди]

Primenom naučnih saznanja iz bioinformatike u dijagnostici srca (EKG), mozga (EEG), tehnološkim razvojem informatičkih tehnologija, kompjutera itd. nastali su aparatnosoftverski uređaji koji su namenjeni funkcionalnoj dijagnostici celokupnog organizma čoveka.

Kompjuterska dijagnostika funkcionalnog stanja celokupnog organizma čoveka zasnovana je na registrovanju parametara zonske električne provodljivosti jednosmerne struje u različitim receptornim zonama kože koje su funkcionalno povezane sa određenim unutrašnjim organima pomoću nervnih vlakana somatskog i vegetativnog nervnog sistema. Nemački lekar Reinhold Fol (Reinhold Voll, 1909 - 1989) je otkrio i definisao neinvaѕivni metod kojim se precizno može izmeriti ćelijski akcion potencijal svih organa i sistema.

Informoterapija[uredi - уреди]

Imajući u vidu kompleksne mehanizme pojave patologije, pored materije i energije, može biti direktno informacija. Informoterapija razrađuje metode terapijske i preventivne primene informacija pri čemu, informoterapija više pažnje posvećuje patogenetskom i terapijskom delovanju informacija, a bioinformatika – teorijskim, praktčnom i eksperimentalnim problemima razmene informacija u živim sistemima. Informoterapija predstavlja jedno od praktičnih dostignuća u primeni bioinformacionih tehnologija pri čemu se terapijski metod koristi u cilju informacione regulacije zdravstvenog stanja.

Informoterapija se bavi i proučava:

  • Uticaj informacija na fiziološke, biohemijske, biofizičke i patološke procese u organizmu čoveka i životinja,
  • Procese prijema, kodiranja, čuvanja, dekodiranja i korišćenja informacija.

Naučno obrazloženje informacione terapije je nastalo sredinom osamdesetih godina XX veka, pri čemu prioritet u svetu imaju ukrajinski naučnici (Skripnjuk Z.). Osnova informacione terapije sastoji se, pre svega, u korišćenju usmerenog informacionog toka kojeg primaju određene ćelijske strukture. Usmereni informacioni tok dovodi do procesa stvaranja endogenih materija u organizmu, koje regulišu homeostazu. Takav efekt se postiže sa uređajima tzv. mikrogenerator u kojima se nalaze mikro bioprocesori sa umemorisanim informacijama matičnih stanica. Terapijsku informaciju prenose odgovarajući informonosači bez dodatnog utroška energije. Takve bioinformacije malo zavise od doze. Njih primaju bolesne ćelije, usled čega se ponovo uspostavlja njihovo normalno funkcionalno stanje. Sa informterapijom se aktiviraju unutrašnje rezerve organizma i njegovi energetski resursi sintetizovanih intra celularno u vidu visokoenergetskih materija. U poređenju sa farmakoterapijom i fizioterapijom, gde se koriste kompleksne i dozirane materije ili energije, u informacionoj terapiji efekti lečenja se postižu informacionim delovanjem zdravih matičnih ćelija na bolesne i oštećene ćelije, dela organa ili sistema. Informoterapiju ne karakteriše informacioni uticaj na ceo organizam, pa čak ne ni na pojedine organe, već selektivno samo na određene ćelije koje se nalaze u stanju disfunkcije i oštećenja (Skripnjuk Z.).

Terapijsko delovanje informacionog polja zavisi samo od toga u kolikoj meri ono odgovara informacionom biopolju nekog konkretnog organa njegovim ćelijama. Teoretski, metodi informoterapije su efikasni kod lečenja bilo kojih oboljenja, jer je reč o ponovnom uspostavljanju informacione sposobnosti raznih organa da razmenjuju informacije na ćelijskom nivou a one mogu biti promenjene, poremećene i čak delimično izgubljene. U ovom slučaju je terapijski efekat određen granicama u okviru kojih se odvija prijem informacije od strane ćelija raznih organa, što se može uporediti sa povratnom reakcijom čoveka na delovanje reči prepoznatljivog i ne poznatnjivog smisla. Prema tome, maksimalni terapijski efekat je moguć samo pri kompleksnom korigovanju mehanizama koji održavaju homeostazu, i to nervnog i humoralnog sistema koji su vezani za razmenu električne i hemijskomaterijalne energije, kao i ″trećeg regulacionog sistema" – informacionog. Primenom informacionih terapija moguće je uspešno lečiti sve viruse i zaustaviti kancerogenezu ranog stadijuma pri čemu se jasno definisanim bioinformacijama daju precizne instrucije svim mehanizmima imunog sistema da fagocitiraju opasne agense (Skripnjuk Z.).

Čuvanje podataka[uredi - уреди]

Znatan dio posla jednog bioinformatičara se sastoji, pored matematičkih analiza, i iz konsolidovanja i pohranjivanja podataka u indiciranim i povezanim biološkim bazama podataka. Zbunjujuća raznolikost DNK (npr. "Gen bank") i proteinskih baza podataka (npr. "Svis port") širom svijeta, je do sada prouzrokovala redudantno (isti sadržaj na više mjesta) i samim tim greškama sklono pohranjivanje podataka.

Literatura[uredi - уреди]

  • Achuthsankar S Nair Computational Biology & Bioinformatics – A gentle Overview, Communications of Computer Society of India, January 2007
  • Aluru, Srinivas, ed. Handbook of Computational Molecular Biology. Chapman & Hall/Crc, 2006. ISBN 1584884061 (Chapman & Hall/Crc Computer and Information Science Series)
  • Baldi, P and Brunak, S, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, 2nd edition. MIT Press, 2001. ISBN 0-262-02506-X
  • Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003. ISBN 0-470-84394-2
  • Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F., eds., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, third edition. Wiley, 2005. ISBN 0-471-47878-4
  • Baxevanis, A.D., Petsko, G.A., Stein, L.D., and Stormo, G.D., eds., Current Protocols in Bioinformatics. Wiley, 2007. ISBN 0-471-25093-7
  • Bogach P. G., Skrypnyuk Z. D. Role of Mg and Ca ions and their interrelation min regulating the transmembrane electrical processes and contraction-relaxation of smooth muscle // Abstract of 27-th Intern. Congr. of Physiological Sciences. - Paris. - 1977. - P. 84.
  • Claverie, J.M. and C. Notredame, Bioinformatics for Dummies. Wiley, 2003. ISBN 0-7645-1696-5
  • Crick, F. H. The genetic code // Sci. Am. - 1962.-207.- P. 66-74.
  • Cristianini, N. and Hahn, M. Introduction to Computational Genomics, Cambridge University Press, 2006. ISBN 0521671914
  • Durbin, R., S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • Gilbert, D. Bioinformatics software resources. Briefings in Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, 2004 5(3):300–304.
  • Keedwell, E., Intelligent Bioinformatics: The Application of Artificial Intelligence Techniques to Bioinformatics Problems. Wiley, 2005. ISBN 0-470-02175-6
  • Кобылянская Р.Н. – Информационная диагностика и информотерапия церебральных арахноидитов. - «Информационная и негентропийная терапия» - 1995 – №2 – с.6-10.
  • Kohane, et al. Microarrays for an Integrative Genomics. The MIT Press, 2002. ISBN 0-262-11271-X
  • Клевець М. Ю. Електричні властивості секреторних клітин травних залоз і механізми активації екструзії їх ферментів.- Авт. дис. …докт.біол. наук.- Київ, 1993. - 40 str.
  • Кобылянская Р.Н. – Информационная диагностика и информотерапия церебральных арахноидитов. - «Информационная и негентропийная терапия» - 1995 – №2 – с.6-10.
  • Комиссаров И. В. Элементы теории рецепторов в молекулярной фармакологии. М.: Медицина, 1969.- 215 str.
  • Костюк П. Г. Кальций и клеточная возбудимость. - М.: Наука, 1986.- 255 str.
  • Крамер Ф. - Учебник по электрпунктуре, т. І, т. II. Москва : Имедис, 1995, с. 457
  • Leonard H. - Основы электропунктуры по Фоллю. - Москва : Имедис, 1993, с.331.
  • Lund, O. et al. Immunological Bioinformatics. The MIT Press, 2005. ISBN 0-262-12280-4
  • Lupicev, N. L. –Электропунктурная диагностика, гомеопатия и феномен дальнодействия.– М. – 1990 – 136 с.
  • Michael S. Waterman, Introduction to Computational Biology: Sequences, Maps and Genomes. CRC Press, 1995. ISBN 0-412-99391-0
  • Mount, David W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis Spring Harbor Press, May 2002. ISBN 0-87969-608-7
  • Pachter, Lior and Sturmfels, Bernd. "Algebraic Statistics for Computational Biology" Cambridge University Press, 2005. ISBN 0-521-85700-7
  • Pevzner, Pavel A. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach The MIT Press, 2000. ISBN 0-262-16197-4
  • Reinhold Voll,- Топографическое положение биологически активных точек электропунктуры. Том 1,2,3, Москва: Техарт, 1993, с.570.
  • Samohin A. V., Готовский В.В. - Электропунктурная диагностика и терапия по методу Р. Фолля.- Москва: Имедис, 1995, 447с.
  • Skrypnyuk, Z. D., Торська І.В., Артемюк М.І., Зайцев С.К., Мисюк О.І. - Електропунктурна диагностика та інформотерапія. - Програма курсів підвищення кваліфікації лікарів - 1992, 394 с
  • Skrypnyuk Z. D. Біоінформатика: «Информационная и негентропийная терапия».- 1995. Б.- 383 str.
  • Skrypnyuk Z. D. - Механизмы гормональной регуляции электрической и сократительной активности гладких мышц. - Дисс. … докт. биол. наук. - Киев, 1989.- 299 с.
  • Soinov, L. Bioinformatics and Pattern Recognition Come Together Journal of Pattern Recognition Research (JPRR), Vol 1 (1) 2006 p.p;37–41
  • Sudakov K. V., - Информационный принцип в физиологии 1995.- 326.
  • Tisdall, James. "Beginning Perl for Bioinformatics" O'Reilly, 2001. ISBN 0-596-00080-4
  • Вульфиус Е. А., Коваленко В. А. Холинорецепторы. Биофизика. Итоги науки и техники.- М., 1978.- 207 str.
  • Вейн А. М. И др. Вегетативные расстройства. - Москва: Медицинское информационное Агенство, 1998, 749 с.
  • Вельховер Е. С. "Основы клинической рефлексологии". Москва: Медицина. 1984.- 221с. – "Клиническая иридология" . Москва: Орбита.- 1992.- 430 с.
  • Вернер Ф. - Основы электроакупунктуры. Москва: Имедис, 1993, с.178.
  • Зубовский Г.А. - Ультразвуковая диагностика и электропунктура. Москва, 1992, с. 137.
  • Dedicated issue of Philosophical Transactions B on Bioinformatics freely available
  • Catalyzing Inquiry at the Interface of Computing and Biology (2005) CSTB report
  • Calculating the Secrets of Life: Contributions of the Mathematical Sciences and computing to Molecular Biology (1995)
  • Foundations of Computational and Systems Biology MIT Course
  • Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution Free MIT Course
  • Algorithms for Computational Biology Free MIT Course

Spoljašne veze[uredi - уреди]

Linkovi[uredi - уреди]