Pfam

Iz Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu

Pfam je baza podataka proteinskih familija koja sadrži njihove anotacije i poravnavanja višestrukih sekvenci generisane koristeći skrivene Markovljeve modele.[1][2][3]

Osobine[uredi - уреди | uredi kôd]

Za svaku familiju u Pfam bazi podata je moguće:

  • Pregledati višestruka poravnavanja
  • Prikazati arhitekture proteinskih domena
  • Pregledati vrste distribucija
  • Slediti linkove prema drugim bazama podataka
  • Prikaziti poznate proteinske strukture

74% proteinskih sekvenci imaju bar jednu Pfam vezu.[4] Taj broj se naziva pokrivenost sekvenci.

Vidi još[uredi - уреди | uredi kôd]

Literatura[uredi - уреди | uredi kôd]

  1. Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). „The Pfam protein families database.”. Nucleic Acids Res 36 (Database issue): D281–8. DOI:10.1093/nar/gkm960. PMC 2238907. PMID 18039703. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238907/. 
  2. Finn RD, Mistry J, Schuster-Böckler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (January 2006). „Pfam: clans, web tools and services”. Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D247–51. DOI:10.1093/nar/gkj149. PMC 1347511. PMID 16381856. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=16381856. 
  3. Bateman A, Coin L, Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR (January 2004). „The Pfam protein families database”. Nucleic Acids Research 32 (Database issue): D138–41. DOI:10.1093/nar/gkh121. PMC 308855. PMID 14681378. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=14681378. 
  4. Jaina Mistry, Penny Cogghill, Sean Eddy, Rob Finn, John Tate1 & Alex Bateman1. „Broadening Pfam Protein Sequence Annotations : Nature Precedings”. DOI:10.1038/npre.2009.3194.1. http://precedings.nature.com/documents/3194/version/1.