Jmol
mol_logo_2013.svg){kind=logo} |
|
|---|---|
 Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura. |
|
| Izdavač: | Jmol razvojni tim |
| Vrsta: | Molekulsko modelovanje |
| Licenca: | LGPL |
| Web stranica: | www.jmol.org i wiki.jmol.org |
Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Vindousu, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.
Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc.[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).[5]
Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Majkrosoft vindousu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.
Sadržaj/Садржај
Snimci ekrana[uredi - уреди | uredi izvor]
-
Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
-
Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
-
Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
-
Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.
Vidi još[uredi - уреди | uredi izvor]
- Spisak molekulskih grafičkih sistema
- Spisak softvera za molekularno mehaničko modelovanje
- Chemistry Development Kit (CDK)
- Molekulska grafika
- PyMOL
- Jmol za Medijaviki
Reference[uredi - уреди | uredi izvor]
- ↑ Chen, Jim X. (2008), Springer, ur., Guide to Graphics Software Tools, ISBN 978-1-84800-900-4, http://books.google.com/?id=Rv2gncprg3gC&pg=PA471&dq=jmol+is+3d#v=onepage&q=jmol%20is%203d&f=false
- ↑ Willighagen, E.; Howard, M. (2007), "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D", Nature Preceedings, DOI:10.1038/npre.2007.50.1, http://precedings.nature.com/documents/50/version/1
- ↑ 3,0 3,1 Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4), DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644, http://eric.ed.gov/ERICWebPortal/recordDetail?accno=EJ759053
- ↑ Herráez, A (2007), Lulu, ur., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, ISBN 978-1-84799-259-8, http://books.google.com/?id=59kQFyfbsJMC&pg=PA21&dq=jmol+applet+web#v=onepage&q=jmol%20applet%20web&f=false
- ↑ Willighagen, E (2001), "Processing CML conventions in Java", Internet Journal of Chemistry 4 (4), http://www.mendeley.com/download/public/2225521/3634250982/f7c33288f4a8512172f0810947f082c55fbe72d3/dl.pdf
Spoljašnje veze[uredi - уреди | uredi izvor]
- Jmol official web site
- Jmol wiki where a list of Websites, Wikis, Moodles, ... using Jmol is available
