Homologno modelovanje

Iz Wikipedije, slobodne enciklopedije
Jump to navigation Jump to search

Homologno modelovanje, takođe poznato kao komparativno modelovanje proteina, je računarska izgradnja modela proteina sa atomskom rezolucijom počevši od aminokiselinskih sekvenci, i od eksperimentalne trodimenzionalne strukture srodnog homogenog protein ("šablona").

Homologno modelovanje se oslanja na identifikaciji jedne ili više poznatih proteinskih struktura za koje se smatra da nalikuju modelovanoj strukturi, i na pravljenju poravnanja koje mapira ostatake upitne sekvence na ostatake sekvencu šablona. Pokazano je da su proteinske strukture u većoj meri očuvane nego što be se očekivalo iz sekvenci homolognih proteina. Sekvence sa manje od 20% sličnosti sekvenci mogu da imaju veoma različite strukture.[1][2]

Proteinske strukture su u većoj meri konzervirane od DNA sekvenci, i stoga merljive nivoi sličnosti sekvenci obično podrazumevaju znatnu strukturnu sličnost.[3]

Kvalitet homolognih modela zavisi od kvaliteta poravnanja sekvenci i proteinskog šablona. Pristup može biti komplikovan prisustvom praznine u poravnavanju koji ukazuju na strukturni region prisutan u ciljnom proteinu, ali ne u šablonu, kao i strukturnim prazninama u šablonu koji proizlaze iz loše rezolucije kristalne strukture. Kvalitet modela opada sa smanjenjem identiteta sekvenci. Tipičan model ima ~1-2 Å odstupanje između poravnatih Cα atoma na 70% identiteta sekvenci, ali odstupanje 2-4 Å na 25% identiteta sekvenci. Međutim, greške su značajno više u regionima petlji, gde aminokiselinske sekvence proteina cilja i šablona mogu biti potpuno drugačije.

Vidi još[uredi - уреди | uredi izvor]

Reference[uredi - уреди | uredi izvor]

  1. Chothia C, Lesk AM (April 1986). "The relation between the divergence of sequence and structure in proteins". The EMBO Journal 5 (4): 823–6. PMC 1166865. PMID 3709526. 
  2. Kaczanowski S and Zielenkiewicz P (2010). "Why similar protein sequences encode similar three-dimensional structures?". Theoretical Chemistry Accounts 125: 543–50. 
  3. Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). "Comparative protein structure modeling of genes and genomes". Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure 29: 291–325. PMID 10940251. doi:10.1146/annurev.biophys.29.1.291.