Strukturna klasifikacija proteina

Izvor: Wikipedia

Strukturna klasifikacija proteina, eng. Structural Classification of Proteins (SCOP), je baza podataka koja prvenstveno sadrži manualnu klasifikacija proteinskih strukturnih domena. Ona je bazirana na sličnosti njihovih aminokiselinskih sekvenci i tri-dimenzionih struktura. Originalno je objavljena 1995.[1] i obično se ažurira jednom godišnje. Održavaju je Alexej Murzin i njegove kolege,[2][3].

Hijerarhijska struktura[uredi - уреди]

SCOP sadrži četiri nivoa hijerarhijske strukturne klasifikacije:

  • klasa - generalna "strukturna arhitektura" domena
  • nabor - slična organizacija regularne sekundarne strukture ali bez evidencije o evolucionoj povezanosti
  • superfamilija - dovoljna strukturna i funkciona sličnost da se izvede zaključak o divergentnoj evolucijskoj vezi, mada homologija sekvenci ne postoji
  • familija - sličnost sekvenci se može detektovati

Vidi još[uredi - уреди]

Referenc[uredi - уреди]

  1. Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). "SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures". J. Mol. Biol. 247 (4): 536–40. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. PMID 7723011. 
  2. Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). "SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics". Nucleic Acids Res. 30 (1): 264–7. doi:10.1093/nar/30.1.264. PMC 99154. PMID 11752311. 
  3. Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). "SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D226–9. doi:10.1093/nar/gkh039. PMC 308773. PMID 14681400. 

Spoljašnje veze[uredi - уреди]