Ankirinsko ponavljanje
| |||||||||
| Fragment domena ankirina R koji se vezuje za membranu .[1] | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | Ank | ||||||||
| Pfam | PF00023 | ||||||||
| InterPro | IPR002110 | ||||||||
| SMART | SM00248 | ||||||||
| PROSITE | PDOC50088 | ||||||||
| SCOP | 1awc | ||||||||
| Superfamilija | 1awc | ||||||||
| |||||||||
Ankirinsko ponavljanje je 33 dug motiv proteina koji se sastoji od dva alfa heliksa razdvojena petljama. Privi je otkriven u signalnim proteinima kvašćanom Cdc10 i Drozofilinim Noč proteinima. Ankirinsko ponavljanje posreduje protein-protein interakcije. Ono se ubraja u najčešće strukturne motive kod poznatih proteina. Ovi motivi su javljaju kod proteina bakterija, arheja, i eukariota, ali su najprisutniji kod eukariota. Proteini sa ankirinskim ponavljanjima uglavnom nisu zastupljeni kod virusa. Oni je javljaju među poksvirusima. Većina proteina koji sadrže ovaj motiv imaju četiri do šest ponavljanja, mada protein po kome je motiv dobio ime, ankirin, sadrži 24. Najveći poznati broj ponavljanja je 34, u proteinu koji izražava Giardia lamblia.[2]
Ankirinska ponavljanja su jedan od najčešćih prirodnih motiva u protein–protein interakcijama. Ona se javljaju u velikom broju funkcionalno različitih proteina kod eukariota. Postoji mogućnost je da je nekoliko poznatih primera kod prokariota i virusa rezult horizontalnog transfera gena.[3]
Ljudski proteini koji sadrže ovaj motiv[uredi | uredi kod]
ABTB1; ABTB2; ACBD6; ACTBL1; ANK1; ANK2; ANK3; ANKAR; ANKDD1A; ANKFY1; ANKHD1; ANKIB1; ANKK1; ANKMY1; ANKMY2; ANKRA2; ANKRD1; ANKRD10; ANKRD11; ANKRD12; ANKRD13; ANKRD13A; ANKRD13B; ANKRD13C; ANKRD13D; ANKRD15; ANKRD16; ANKRD17; ANKRD18A; ANKRD18B; ANKRD19; ANKRD2; ANKRD20A1; ANKRD20A2; ANKRD20A3; ANKRD20A4; ANKRD21; ANKRD22; ANKRD23; ANKRD25; ANKRD26; ANKRD27; ANKRD28; ANKRD30A; ANKRD30B; ANKRD32; ANKRD33; ANKRD35; ANKRD36; ANKRD36B; ANKRD37; ANKRD38; ANKRD39; ANKRD40; ANKRD41; ANKRD42; ANKRD43; ANKRD44; ANKRD45; ANKRD46; ANKRD47; ANKRD49; ANKRD5; ANKRD50; ANKRD52; ANKRD53; ANKRD54; ANKRD55; ANKRD56; ANKRD57; ANKRD58; ANKRD6; ANKRD7; ANKRD9; ANKS1A; ANKS3; ANKS4B; ANKS6; ANKZF1; ASB1; ASB10; ASB11; ASB12; ASB13; ASB14; ASB15; ASB16; ASB2; ASB3; ASB4; ASB5; ASB6; ASB7; ASB8; ASB9; ASZ1; BARD1; BAT4; BAT8; BCL3; BCOR; BCORL1; BTBD11; C20orf12; C20orf86; C21orf99; C7orf7; CAMTA1; CAMTA2; CASKIN1; CASKIN2; CCM1; CDKN2A; CDKN2B; CDKN2C; CDKN2D; CENTB1; CENTB2; CENTB5; CENTG1; CENTG2; CENTG3; CLIP3; CLIP4; CLPB; CTGLF1; CTGLF2; CTGLF3; CTGLF4; CTGLF5; CTTNBP2; DAPK1; DDEF1; DDEF2; DDEFL1; DGKI; DGKZ; DP58; DYSFIP1; EHMT1; EHMT2; ESPN; FANK1; FEM1A; FEM1B; GABPB2; GIT1; GIT2; GLS; GLS2; HACE1; HECTD1; IBTK; ILK; INVS; KIDINS220; KRIT1; LOC348840; LOC554226; LRRK1; MAIL; MGC26718; MGC29891; MIB1; MIB2; MPHOSPH8; MTPN; MYO16; NFKB1; NFKB2; NFKBIA; NFKBIB; NFKBIE; NFKBIL1; NFKBIL2; NOTCH1; NOTCH2; NOTCH3; NOTCH4; NRARP; NUDT12; OSBPL1A; OSTF1; PLA2G6; POTE14; POTE15; POTE8; PPP1R12A; PPP1R12B; PPP1R12C; PPP1R13B; PPP1R13L; PPP1R16A; PPP1R16B; PSMD10; RAI14; RFXANK; RIPK4; RNASEL; SHANK1; SHANK2; SHANK3; SNCAIP; TA-NFKBH; TEX14; TNKS; TNKS2; TNNI3K; TP53BP2; TRP7; TRPA1; TRPC3; TRPC4; TRPC5; TRPC6; TRPC7; TRPV1; TRPV2; TRPV3; TRPV4; TRPV5; TRPV6; UACA; USH1G; ZDHHC13; ZDHHC17;
Reference[uredi | uredi kod]
- ↑ PDB 1N11; Michaely P, Tomchick DR, Machius M, Anderson RG (2002). „Crystal structure of a 12 ANK repeat stack from human ANK1”. EMBO J. 21 (23): 6387–96. DOI:10.1093/emboj/cdf651. PMC 136955. PMID 12456646.
- ↑ Mosavi L, Cammett T, Desrosiers D, Peng Z (2004). „The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition”. Protein Sci 13 (6): 1435–48. DOI:10.1110/ps.03554604. PMC 2279977. PMID 15152081. Arhivirano iz originala na datum 2004-09-07. Pristupljeno 2014-05-20.
- ↑ Bork P (December 1993). „Hundreds of ankyrin-like repeats in functionally diverse proteins: mobile modules that cross phyla horizontally?”. Proteins 17 (4): 363–74. DOI:10.1002/prot.340170405. PMID 8108379.
Vidi još[uredi | uredi kod]
Spoljašnje veze[uredi | uredi kod]
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_TNKBM
- MeSH Ankyrin+repeat