Nalazi se na levoj dolinskoj strani Jelašničke reke, 1 km uzvodno od njenog ušća u Timok. Smešteno je zapadno od pruge Zaječar-Negotin, 16,5 km severoistočno od Zaječara.
Selo je dobilo ime po obližnjem brdu Čoka (285 m), gde je i prvobitno osnovano krajem 18. i početkom 19. veka od povratnika, nekedašnjih stanovnika sela Koprivnice, izbeglih u Vlašku zbog turskog zuluma.
Pominje se prvi put 1811. godine, a do 1840. je fizionomski deo Koprivnice. Zatim dobija status samostalnog naselja.
U naselju Čokonjar živi 139 punoletnih stanovnika, a prosečna starost stanovništva iznosi 43,5 godina (41,9 kod muškaraca i 44,9 kod žena). U naselju ima 42 domaćinstva, a prosečan broj članova po domaćinstvu je 4,12.
Ovo naselje je u uglavnom naseljeno Srbima (prema popisu iz 2002. godine), a u poslednja tri popisa, primećen je pad u broju stanovnika.