Ramačandranov dijagram

Originalni relaksirani tau φ,ψ regioni Ramašandrana

Diedralni uglovi φ i ψ (i ω) proteinske osnove

Ramačandranov grafikon generisan za ljudski PCNA, protein trimerne DNK stege koji sadrži β-ravan i α-heliks (1AXC). Crveno, smeđe i žuto obojeni regioni predstavljaju favorizovane, dozvoljene i „generalno dozvoljene“ regione po ProCheck definiciji

Ramačandranov dijagram (Ramačandranov grafikon, [φ,ψ] grafikon), koji su originalno (1963.) razvili G. N. Ramačandran, C. Ramakrišnan, and V. Sasisekharan, je način vizuelizacije diedralnih uglova ψ naspram φ aminokiselinskih ostataka proteinske strukture. Slika levo ilustruje definiciju φ i ψ diedralnih uglova osnove lanca (φ i φ' po Ramačandranu). Ugao ω peptidne veze je normano 180°, pošto parcijalni karakter dvostruke veze drži peptid u ravni. Slika gore desno prikazuje dozvoljene φ,ψ konformacione regione osnove lanca po Ramačandranu et al. iz 1963. i 1968, koristeći proračune trvdih sfera: pun radijus je prikazan punim linijama, redukovani radijus isprekidanim, i relaksirani tau (N-C_alfa-C) ugao tačkastim linijama. Pošto su vrednosti diedralnih uglova cirkularne i 0° je isto što i 360°, ivice Ramačandranovog dijagrama se „obmotavaju“, leva strana sa desnom, i dno sa vrhom. Na primer, mala traka dozvoljenih vrednosti duž donjeg levog ugla grafikona je nastavak velikog regiona gore levo.

Literatura

• Richardson, J.S. (1981). „Anatomy and Taxonomy of Protein Structures”. Advances in Protein Chemistry 34: 167–339. DOI:10.1016/S0065-3233(08)60520-3. PMID 7020376. , available on-line at Anatax
• Branden, C.-I.; Tooze, J. (1991), Introduction to Protein Structure, Garland Publishing, NY, ISBN 0-8153-0344-0 

Spoljašnje veze

• DynoPlot in PyMOL wiki
• Link to Ramachandran Plot Map of alpha-helix and beta-sheet locations
• Link to Ramachandran plot calculated from protein structures determined by X-ray crystallography compared to the original Ramachan.
• Proteopedia Ramachandran Plot