LIM domen

Iz Wikipedije, slobodne enciklopedije
LIM domen
Lims.png
Strukture LIM domena iz Pinč proteina. Atomi cinka su prikazani sivo.
Identifikatori
Simbol LIM
Pfam PF00412
InterPro IPR001781
PROSITE PDOC50178
SCOP 1ctl
Superfamilija 1ctl

LIM domeni su proteinski strukturni domeni, koji se sastoje od dva susedna domena cinkovog prsta, razdvojena sa dve hidrofobne aminokiseline.[1] Oni su dobili ime po njihovom otkriću u proteinima Lin11, Isl-1 i Mec-3.[2] Pokazano je da proteini koji sadrže LIM domen učestvuju u citoskeletalnoj organizaciji, razvoju organa i onkogenezi. LIM domeni posreduju protein-protein interakcije koje su kritične za ćelijske procese.

LIM domeni imaju visoko divergentne sekvence, izuzev pojedinih ostataka. Divergencija sekvenci omogućava postojanje mnoštva različitih mesta vezivanja u istom osnovnom domenu. Konzervirani ostaci učestvuju u vezivanju cinka ili su hidrofobna osnova proteina. LIM domeni imaju sledeću sekvencu:

[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-19-[W]-[H]-[X]2-4-[C]-[F]-[LVI]-[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-20-C-[X]2-4-[C]

Organizacija Lim domena

LIM domeni se često javljaju u umnošcima, kao što je to slučaj kod proteina TES i LMO4. Oni takođe mogu da budu vezani za druge domene, čime se omogučava vezivanje i sortiranje, npr. LIM kinaze.

Reference[uredi - уреди | uredi izvor]

  1. Kadrmas JL, Beckerle MC (2004). "The LIM domain: from the cytoskeleton to the nucleus". Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5 (11): 920–31. PMID 15520811. doi:10.1038/nrm1499. 
  2. Bach I (2000). "The LIM domain: regulation by association". Mech. Dev. 91 (1–2): 5–17. PMID 10704826. doi:10.1016/S0925-4773(99)00314-7.