Baza podataka konzerviranih domena

Iz Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu
CDD
US-NLM-NCBI-Logo.svg
Kontent
Opis Baza podataka konzerviranih domena za funkcionalnu anotaciju proteina
Kontakt
Istraživački centar Nacionalni centar za biotehnološke informacije
Autori Aron Marchler-Bauer
Primarna citacija Marchler-Bauer & al. (2011)[1]
Datum objavljivanja 2003
Pristup
Veb stranica ncbi.nlm.nih.gov
Alati
Razno

Baza podataka konzerviranih domena (CDD) je baza podataka dokumentovanih modela poravnavanja višestrukih sekvenci i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne domene i proteine pune dužine.[1]

Sadržaj baze podataka[uredi - уреди | uredi izvor]

CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.

Reference[uredi - уреди | uredi izvor]

  1. 1,0 1,1 Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH (January 2011). "CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D225–9. DOI:10.1093/nar/gkq1189. PMC 3013737. PMID 21109532. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013737/. 

Spoljašnje veze[uredi - уреди | uredi izvor]