Druga hrvatska nogometna liga sezone 2005./2006. bila je podijeljena u dvije zasebne lige : Sjever i Jug. U svakoj se natjecalo 12 klubova, te se liga nakon 22. kola dijelila na Ligu za prvaka te Ligu za ostanak.
U Prvu HNL za 2006/2007. plasirao se NK Šibenik, dok je NK Međimurje zadržao status prvoligaša bez kvalifikacijskih utakmica jer NK Belišće nije dobio licencu za igranje u Prvoj HNL. Zbog stupanja na snagu odluke o promjeni sustava natjecanja kojom je određeno u natjecateljskoj godini 2006./07. igranje jedinstvene Druge HNL sa 16 klubova te nedobivanja licence, iz lige su ispali: Druga HNL "Sjever" - NK Grafičar-Vodovod Osijek, NK Metalac, NK Graničar Županja, NK Slavonija, NK Dilj i NK Mladost Molve Druga HNL "Jug" - NK Novalja, NK Segesta i NK Karlovac.
1999./00. • 2000./01. • 2001./02. • 2002./03. • 2003./04. • 2004./05. • 2005./06. • 2006./07. • 2007./08. • 2008./09. 2009./10. • 2010./11. • 2011./12. • 2012./13. • 2013./14. • 2014./15. • 2015./16. • 2016./17. • 2017./18. • 2018./19.